e-Kutsekooli juhtimisorganiteks on üldkogu ja nõukogu. Üldkogu koosneb Haridus- ja Teadusministeeriumi, Eesti Infotehnoloogia Sihtasutuse ja liikmesõppeasutuste volitatud esindajatest. Nõukogu on üheksaliikmeline (sh Haridus- ja Teadusministeeriumi esindaja ja Eesti Infotehnoloogia Sihtasutuse esindaja). Nõukogu liikmed valib üldkogu kaheks aastaks.
2011 - 2012 aasta nõukogu koosseis:
- Raivo Täht (esimees) - Tallinna Majanduskool
- Andrus Kompus - Tartu Kutsehariduskeskus
- Anneli Kannus - Tartu Tervishoiu Kõrgkool
- Hannes Mets - Rakvere Ametikool
- Kalle Toom - Haridus- ja Teadusministeerium
- Riina Müürsepp - Pärnumaa Kutsehariduskeskus
- Meeli Kaldma - Tallinna Teeninduskool
- Toomas Sõmera - EITSA
- Ülle Ernits - Tallinna Tervishoiu Kõrgkool
2012.aastal toimuvad koosolekud:
15. veebruar – Tartu Tervishoiu Kõrgkool (üldkogu)
12. september – Sisekaitseakadeemia (nõukogu)
12. detsember – Järvamaa Kutsehariduskeskus (nõukogu)
